2000년 새로운 밀레니엄과 디지털 시대가 도래함에 따라 학회에서도 2001년에 최초로 학회 홈페이지를 개설하였으며 도메인은 양 학회의 키워드 toxicology와 mutagen을 이용한 www.toxmut.or.kr 이었다. 홈페이지 개설을 통해 효과적인 회원 관리가 가능해졌고 학회 학술행사 홍보가 용이해졌다. 홈페이지를 통해 온라인 학술대회 등록 및 초록접수가 가능해지며 회원들은 학회 활동이 보다 편리해졌고 학회도 보다 효율적으로 운영될 수 있었다.

2002년 11월 8일 서울대학교 호암교수회관에서 정기총회 및 사단법인 한국독성학회 창립총회가 개최되었다. 회원 총수는 776명, 참석회원 총수는 서면 위임자를 포함한 298명이었다. 당시 수석부회장으로 학회의 사단법인화 절차업무를 맡은 서울대학교 약학대학 김영철 교수가 임시의장으로 선출되었다.

한국독성학회는 1985년 창립되어 이미 규모 있는 학술단체로 성장해 있었다. 이러한 성장을 바탕으로 과거 몇 년 전부터 학회 회원들과 임원들 사이에서는 학회가 독성학 분야의 전문 학술단체로서의 기능과 활동을 보다 체계화하여 독성 분야의 사회적 필요에 더욱 효율적으로 부응하기 위해 학회를 사단법인 형태로 전환할 시기라는 인식이 공유되어왔다. 이에 따라 전년도인 2001년 10월 정기총회에서 한국독성학회를 사단법인화하기로 의결한 바 있었다. 사단법인 설립을 위한 정관 검토 작업을 간사장인 서울대학교 약학대학 정진호 교수에게 위임하여 2002년 3월 27일 발기인대회에서 정관에 대한 심도 있는 논의가 있었으며 2002년 11월 평의원회의 심의를 거친 후 설립취지문이 전 회원에게 공유되었다.

학회 정관은 공익법인의 설립 운영에 관한 법률의 규정에 의한 정관 준칙에 따라 작성되었으며 한 가지 특징은 차기 회장을 미리 전 회기에 선출하여 이사로서 법인 업무에 참여하고, 다음 회기에 회장으로 취임하는 것을 특징으로 하였다.
한국독성학회 정관은 기존의 공익법인으로서의 학회의 목표가 충실하게 포함되어 있고 이를 실천할 수 있는 제도적인 측면, 즉 임원 선임, 법인의 제도 등 기존의 학회 때 보다 체계적으로 발전한 면이 돋보였다. 이로써 한국독성학회 정관은 이미 발기인대회에서 준비된 원안대로 학회 창립총회에서 만장일치로 채택되었다. 학회장과 사단법인의 이사장은 법적으로 다른 사항이므로 사단법인의 업무를 책임지고 수행할 이사장 선출이 필요했다. 정관에 이미 회장은 총회에서 선출하고, 회장이 이사장을 겸직하도록 되어 있으므로 차기 회장인 김영철 교수가 이사장을 겸하는 것이 절차상으로 문제가 없다고 의결하였다.

또한 차기 부회장인 정해원 교수, 현 회장인 정명희 교수, 전임 회장인 이영순, 양규환, 장일무 교수를 이사로 추천하여 인준되었다. 식품의약품안전청에 사단법인허가 요청 시 이러한 사항도 포함하여 허가를 받게 되었다. 마지막으로 사무소 장소를 서울대학교 약학대학 내에 설치하게 되었다. 창립총회 회의록은 창립준비위원장 김영철, 창립발기인 정해원, 양규환, 정명희, 이영순, 장일무 교수의 서명으로 완료되었다.

이듬해인 2003년 3월 18일 서울대학교 호암교수회관에서 열린 제3차 이사회에는 김영철, 창립발기인 정해원, 양규환, 정명희, 이영순, 장일무, 총 6인의 이사진과 이병무 간사장, 강경선, 박광식 총무간사가 참석하였다. 2002년 가을 총회 및 사단법인 설립 창립총회에서 인준된 바와 같이 학회가 좀 더 발전적인 방향으로 나아가기 위해 사단법인화를 본격적으로 추진하였고 이로써 2003년에 식품의약품안전처에 의해 사단법인으로 법인 허가를 받게된다.